Музей был открыт в 1979 году и с тех пор стал чуть ли не самым главным объектом Иссык-Кульской области.
Экспозиция музей представлена коллекциями, посвященными истории края с древних времен и до наших дней. Так, здесь хранятся экспонаты, найденные этнографами в уже вымерших деревнях – оружия, посуда, одежда, украшения и орудия труда. Подобные находки
позволяют лучше узнать и понять жизнь и верования древних жителей Иссык-Куля.
Кроме того, здесь можно увидеть предметы, поднятые со дня киргизского «Байкала». Например, древний каменный стол, используемый в прошлом для жертвоприношений. Его массивные ножки представляют собой фигуры женщин.
Интересны находящиеся здесь памятники письменной культуры киргизов, которые многие относят к эпосу Манас – своеобразной эпохе Возрождения в устном творчестве киргизского народа. Подразумеваются работы самых выдающихся деятелей искусства и культуры Прииссыккулья.
На северо-западе г. Чолпон-Аты находится вторая часть музея - заповедник под открытым небом площадью в 42 га. Здесь насчитывают свыше 1000 камней с древними наскальными рисунками, и, кроме того, множество каменных скульптур и старинных захоронений.