Катунский заповедник расположился в высокогорной части Центрального Алтая, забрав в свои владения южную часть Катунского хребта и северные склоны хребта Листвяга. Занимая им площадь в 151 664 га (1,6% территории Республики Алтая) административно принадлежит Усть-Коксинскому району.