Байдинские пещеры находятся на побережье пролива Малое море, между падями Нугды и Баг-Орсо, в точке выхода известняка. С поселком Сахюртэ (МРС) разделены девятью километрами в направлении юго-запада, с улусом Кутул – тремя к востоку. От западнобережья Байкала удалены на 2 километра.